离子交换色谱是一种新发展起来的现代分析技术，已广泛应用于蛋白质的分析，也适用于一些无机离子(无机阴离子如NO3-、SO42-和Cl-以及无机阳离子如Na+、Ca2+、Mg2+和K+)的分离分析，发挥着非常重要的作用。
离子交换色谱法
离子交换色谱通常使用离子交换树脂作为固定相。一般来说，样品离子与固定相离子发生可逆交换，由于各组分离器的交换能力不同而实现色谱分离。
凝胶色谱
目前，凝胶色谱既适用于水溶液，也适用于有机溶剂。当使用的洗脱液为水溶液时，称为凝胶过滤层析，在生物学中应用广泛。当用有机溶剂作为洗脱剂时，称为凝胶渗透色谱，在高分子领域应用广泛。
分配色谱法
这种色谱的流动相和固定相都是液体，样品分子在两个液相之间很快达到平衡分布。这种分离类似于萃取过程，是利用各组分在两相中分配系数的差异来实现的。
常用的固定剂有β，β’-双氧(ODPN)、聚乙二醇(PEG400~4000)、三亚甲基二醇(TMG)和角鲨烷(SQ)。使用与气相色谱相同的方法，将固定液涂在多孔载体表面，但在使用中容易流失。目前，键合固定相被广泛应用。在这种固相中，固定液没有涂覆在载体的表面上，而是通过化学反应将有机基团结合到纯硅胶颗粒的表面上。
例如，可以通过氯十八烷基硅烷和硅胶表面上的羟基(-OH)之间的反应形成烷基化表面。这种固定液的优点是不容易被流动相侵蚀。在分配色谱中，流动相可以是纯溶剂，也可以用混合溶剂进行梯度洗脱，其极性应与固定液不同，以避免两者之间的相容性。