另外，液相色谱所用的仪器、设备和操作条件也与气相色谱不同，所以液相色谱和气相色谱有一定的区别。
液相色谱所用的基本理论:塔盘理论和速率方程与气相色谱基本相同，但由于气相色谱是用液体代替气体作为流动相，所以液体和气体的性质是不同的。
经典液相色谱的流动相靠重力缓慢流过色谱柱，因此固定相的粒径不能太小(约100微米~ 150微米)。将分离后的样品分阶段收集，然后进行分析，这使得经典的液相色谱法不仅分离效率低、分析速度慢，而且操作复杂。直到20世纪60年代才开发出粒径小于10μm的高效固定相，并采用高压输液泵和自动记录检测器，克服了经典液相色谱的缺点，发展成为高效液相色谱，又称高压液相色谱。
凝胶色谱
目前，凝胶色谱既适用于水溶液，也适用于有机溶剂。当使用的洗脱液为水溶液时，称为凝胶过滤层析，在生物学中应用广泛。当用有机溶剂作为洗脱剂时，称为凝胶渗透色谱，在高分子领域应用广泛。