对于运行中的冷水机组，环境条件和负荷已经成为固定值。此时，冷凝热负荷也是固定值。规定进出水温差为5℃，冷却水量必须是一定值，流量与进出水温差成反比。因此，冷水机组的运行只需要指定冷却水的进出口温差。这种流速通常由进出冷凝器的冷却水的压降来控制。在标准工况下，冷凝器进出口水的压降设定为68.6 kPa(0.7kg/cm:)。
在冷却水系统的实际运行中，经常有以下几种误操作:
(1)开机前，机组上不需要打开的冷凝器进水阀关闭，造成水窜。部分冷却回水从非启动机组的凝汽器流出，减少了运行机组凝汽器中的冷却水流量，导致凝结压力升高，主机运行电流增大，机组制冷量降低，严重的甚至造成机组停机，不仅浪费电力，降低制冷效果，还容易损坏设备。
⑵由于之前的误操作，主机冷凝压力和冷却水出口温度升高。给操作人员造成错误的判断。误认为冷却水量不够，开启冷凝器进水阀和冷却泵出水阀，增加部分冷却塔风机，导致水泵和冷却塔风机耗电量增加。
(3)更有甚者，盲目加装冷却水泵。虽然增加冷却水泵确实可以降低冷却水的温度和冷凝压力，但毕竟一台泵运行的电能是浪费的，所以是错误的。
冷却水系统的正确操作方法是:
(1)开机前，关闭不需要操作的机组冷凝器进水阀，防止水窜。
⑵打开待运行机组冷凝器上的进、出水阀门(一般出水阀门始终开启，进水阀门根据需要开启和关闭。冷凝器和蒸发器是一样的。启动相应的冷却水泵。调节冷凝器进出口压力至68.6kPa (0.7 kg/cm:)(压降是以克服管道阻力为原则，压降越低节电效果越好)。
(3)如果冷凝器进、出水压力表指针摆动过大，说明冷却水系统中有空气。必须排出空气，直到压力表指示正常才能继续下一步操作。
(4)运行中，无论启动多少台机组，一台主机一台冷却水泵(匹配相同)。