根据DNA扩增的目的和检测的标准，PCR仪可分为普通PCR仪、梯度PCR仪、原位PCR仪、实时荧光定量PCR仪等。
2.1常用PCR仪
通常，只能在特定退火温度下运行进行PCR扩增的PCR仪器称为普通PCR仪器。
如果要用于不同的退火温度，需要运行多次。主要用于目的基因退火温度的简单扩增。
主要用于科研、教学、临床医学、检验、检疫等。
2.2梯度PCR仪
一次PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件(一般为12个温度梯度)，称为梯度PCR仪。
由于不同扩增DN片段的适宜退火温度不同，因此设置一系列梯度退火温度进行扩增，这样一次PCR扩增就可以筛选出高表达的适宜退火温度进行有效扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，省时省钱。
也可作为普通PCR使用，无需设置梯度。真正的梯度是每排管道都有加热温控探头。
梯度PCR仪多用于科研和教学机构。
2.3原位PCR仪
部分品牌的PCR仪器具有普通PCR、梯度PCR、原位PCR功能，通过更换模块进行多用途实验。它是一种细胞内基因放大器，用于细胞内靶DNA的定位分析。例如致病基因在细胞中的位置或靶基因在细胞中的位置。它能保持细胞或组织的完整性，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置进行基因扩增。
不仅可以检测目标DNA，还可以标记目标序列在细胞中的位置。在分子和细胞水平上研究疾病的发病机制、临床过程和病理转化具有重要的实用价值。
2.4实时荧光定量PCR (FQPCR)。
在普通PCR仪的设计基础上，增加了荧光信号激发采集系统和计算机分析处理系统，形成了具有荧光定量PCR功能的仪器。