PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染。实验室的平面布局、空调通风、系统设计、气流控制都是围绕这个核心问题。这些方面将在下面分别解释。
1、严格划分工作区域
(1)各实验区设置合理；
(2)每个实验区都要有明显的标志(如醒目的门牌号码或不同的底色等。)避免不同实验区的设备、物品、试剂混淆。
2.合理的系统设置
(1)合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排风空调系统；
(2)严格的气压控制，保证了不同实验区域不同的气压要求。
3.标准化操作
(一)临床基因扩增检测实验室的技术人员必须经过岗位培训，培训合格后，方可从事临床基因扩增检测工作；
(2)在实验操作过程中，操作者必须戴手套并经常更换。此外，手术中使用一次性帽子也是防止污染的有效措施；
(3)清洁工作及时、正确。实验结束后，必须立即清洁该区域。除了常规的消毒液擦拭表面或紫外线灯照射消毒外，一些实验设备还应在高压下消毒。
4.严格管理
(1)严格控制人员进出实验室。与实验无关的人员不得随意进出实验室，有条件时应设置进出整个实验区的独立通道和门；
(2)各实验区应使用有明显区分标志(如不同颜色)的工作服，工作人员离开时不得将本区域的工作服带到其他区域；
(3)尽量减少在实验区不必要的走动，以减少交叉污染的可能性。
(4)扩增产物分析区是扩增产物的主要污染源，废液不能倾倒在实验室内，必须经过消毒剂浸泡消毒后丢弃在远离实验室的地方，使用过的吸头等一次性材料也要经过消毒剂浸泡消毒后统一处理，如焚烧；
(5)扩增产物的分析区域可能会用到一些能引起基因突变和毒性的物质，因此要特别注意实验人员的安全防护。
5、实验室设施齐全
完备的实验室设施是保证实验工作的必要条件，应根据各实验室不同的实验内容配备相应的设备和仪器，如洁净工作台、离心机、采样器等。