全自动医用PCR分析系统用于进行实时PCR实验和分析实验数据。仪器在相应试剂的帮助下，使待测对象的目标核苷酸在特定温度下扩增并熔解，通过荧光反映出来。通过对实验中产生的荧光信号的分析，可以实现对目标核苷酸的定性和定量判断，或者据此研究目标核苷酸的解链曲线和基因分型。
全自动医用PCR分析系统的工作原理是，标记有荧光基团的探针与未知DNA模板混合后，完成高温变性、低温复性和适当温度延伸的热循环，遵守聚合酶链式反应规律。与未知DNA模板互补的探针被切断，荧光基团在反应体系中游离，在特定的光激发下发出荧光。随着循环次数的增加，扩增的目的基因片段呈指数增加，反应体系的荧光强度也相应增加。通过实时检测相应的荧光信号强度，可以得到Ct值，同时利用已知DNA模板浓度的几种标准制作的标准曲线，可以对未知的DNA模板进行定量分析， 从而获得待测样品中目标基因的拷贝数。
该仪器主要用于临床实验室通过荧光聚合酶链反应对各种基因进行定性或定量分析。