清洁设备部件
设备的清洁度是保证工作过程中没有交叉污染的条件之一。所以第二次使用冻干机时，业内说是对设备各部分进行清洗。
不同的零件有不同的清洁条件。比如不锈钢零件需要用乙醇清洗，有机玻璃需要用生理盐水清洗，安瓿瓶需要用超声波清洗机清洗。
冷冻前准备
冷冻干燥前需要预冷冻。预冻需要准备一个零下40℃或者零下80℃的低温冰箱。将待干燥的物品放入低温冰箱或液氮中，一般需要四个小时左右。这一过程可以从设备外部直接观察到。当货物冻实后，可以进行冻干实验，货物可以快速移入冻干机的托盘中，保证冻干效果。
检查设备的气密性
冻干机通过绿色真空管与真空泵连接，接头采用国际标准夹具。为了有效防止漏气，在这个夹子里特别设计了一个密封橡胶圈。在防止漏气的方法中，建议在橡胶圈上涂上适量的真空油脂，然后用夹子夹牢，这样接头可以贴得更紧密。
如果夹具没有拧紧，会造成漏气，导致抽真空时仪表板的数字显示值大于20pa。此时应检查真空泵和冻干机玻璃罩的气密性。
如果气密性不好，应在冷阱上方的密封胶圈上涂些真空油脂，将有机玻璃盖轻轻拧在胶圈上，然后打开真空泵测试气密性。以确保气体密封的完整性。
真空泵运行前，检查真空泵油。
冻干机主机右侧板上有两个电源插座。一个把真空泵的电源线接到主机上，然后把第二个冻干机的主电源插到电源上。
真空泵运行前，检查真空泵油是否添加，否则不能正常运行。油位不应低于油镜的中心线。真空泵在开始时有很强的抖动，会逐渐变得稳定。
干燥冷阱
除了上述“预热”准备，业内人士表示，在设备制作前，要注意去除冷阱室内的湿气，必要时对冷阱进行干燥。每次冷冻干燥操作前打开排水阀。
另外，使用过程中不要频繁开关。如果冰箱因操作失误而停止运转，则无法立即启动。至少等20分钟再启动，以免损坏冰箱。冷冻干燥后，冷阱盘管上的冰会变成水，可以用毛巾擦干净。冻干结束后，松开“充气阀”给冷阱慢慢充气，以免弄坏真空计。