正确使用分液漏斗振荡器需要时间和灵活性。还应该认识到，分液漏斗振荡器的目的是对多种液体混合物进行分层，分层过程中会产生压
首先，从有机溶剂中的有机反应混合物开始，关闭旋塞阀，通过顶部的塞口加入有机液体，然后加入水溶液，如果要产生预期的化学反应，慢慢加入水溶液。如果气体逸出，必须减慢分液漏斗振荡器的速度，并缓慢旋转分液漏斗中的混合物，直到大部分气泡停止。然后，就很难操作了。把塞子放在顶部开口处，然后拿起液体漏斗，用拇指和食指放在旋塞的把手上。分液漏斗提取器用一只手握住烧瓶底部，另一只手握住瓶塞的顶部。在一个动作中，当活塞上升到液面之上时，翻转分液漏斗并打开活塞。
在这个过程中有几个挑战。如果塞子不够紧，液体会从塞子开口处漏出。如果旋塞阀打开过早，液体也会从开口处漏出。如果整个过程没有快速完成，漏斗倒置时塞子会被压力挤出。此时需要充分混合液体以方便提取，关闭旋塞，通过分液漏斗振荡器的加速摇动混合物，会产生更大的压力，需要每隔一段时间停车排气。
如果需要分层，可将分液漏斗放回环形支架中，混合物应在地下分离。如果没有，或者分液漏斗的提取器只是部分分离，就会形成乳状液。这种混合物不易分离，静置5-10分钟即可分离。如果仍然失败，用玻璃棒搅动漏斗的侧面。此外，还可以有一层乳胶膜防止溶液结块，也可以加入少量饱和氯化钠。离子强度的变化可以将水吸入盐溶液中，加入少量有机溶剂稀释有机产物，也可以降低表面张力。在困难的情况下，可以结合使用各种技术。如何成功脱层？你可以拔掉塞子，把它放在干净的纸巾上。一旦不必要的液体被清除，将你身下的液体倒入一个合适的容器中。
分液漏斗振荡器分离混合物，可以加入几滴水。水与水层混溶，但不与有机层混溶。注意，氯化有机溶剂的密度比水大，其他有机溶剂可能比水轻。此