首先，两者的作用不同:
1.洁净工作台的作用:空气被风机吸入前置过滤器，通过静压箱被高效过滤器过滤，过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使作业区达到100级洁净度，保证生产中环境洁净度的要求。
2.生物安全柜的作用是净化空气的箱式负压安全装置，防止实验操作过程中一些危险的或未知的生物颗粒逸出。
其次，这两个范畴是不同的:
1.洁净工作台的分类:主要有两大类，一是水平层流，二是垂直层流。按操作结构可分为单边操作和双边操作，按用途可分为普通洁净工作台和生物洁净工作台。
2.生物安全柜的分类:根据NSF49标准，生物安全一级(P1)的介质是指普通无害的细菌、病毒等微生物；生物安全二级(P2)的介质是指一般致病菌、病毒等微生物；生物安全等级为三级(P3)的介质是指具有毒性/致死性的细菌、病毒等微生物，感染后可治愈；
生物安全等级为4级(P4)的介质是指感染后难以治愈的微生物，如剧毒/致命的细菌和病毒。该标准将生物安全柜分为I、II、III级，可适用于不同生物安全级别介质的操作。
第三，两者的用途不同:
1.洁净工作台的用途:洁净工作台是一种单向空气净化设备，提供局部无尘无菌的工作环境。适用于医疗卫生、生物制药、食品、医学科学实验、光学、电子、无菌室实验、无菌微生物检验、植物组织培养接种等需要局部洁净无菌工作环境的科研生产部门。
还可以连接成流水线，具有低噪音、可移动的特点。它的使用对改善工艺条件、提高产品质量和增加产量有很好的效果。
2.生物安全柜的用途:广泛应用于微生物学、生物医学、基因工程、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中，是实验室生物安全防护屏障中的基本安全防护设备。