微波萃取也是近十年发展起来的新方法。
微波提取的原理是基于微波加热。样品中极性分子的偶极矩在高频电磁波辐射的可变能量场作用下快速振动，使萃取在样品内部产生的最大摩擦热下进行。
微波萃取的优点是速度快，样品热应力小，有利于热稳定性低的样品的萃取。
微波提取需要极性溶剂，所以在需要非极性溶剂时，也需要使用改性剂或混合溶剂进行提取。影响提取效果的因素有溶剂的选择、提取时间、微波能量等。，特别是样品中的水含量对萃取有很大的影响。一次萃取还是多次萃取要看具体的实验条件，比如长时间的微波作用是否会导致溶剂的沸腾或者萃取管内压力升高的负面影响。然而，在大多数情况下，多次微波辐射的方法取得了良好的效果。
微波提取的设备与早期微波消解的设备相同。早期的微波消解用于无机分析，是为了在有机物存在的情况下排除有机物的干扰，从而准确地定量分析无机元素。
然而，除了消化，这种装置还可以用于提取，蛋白质水解，浓缩，干燥，化学反应等操作。利用该装置通过微波水解蛋白质，可以使被检测的靶标很容易地从蛋白质中解离出来，从而增加靶标的提取量。
提取管是密封的，其提取效率明显优于开放式提取管。为了提高提取效果，可以增加超声波功能，用超声波功能代替机械搅拌，据说可以明显提高提取量。